Jubiläumskonzert Weihnachtsoratorium im November 2011 (Digitalfoto: U. Hornstein)
Die Heinrich-Schütz-Kantorei verfügt über kein eigenes Orchester. Seit Bestehen des Chores hat dessen ehemaliger Leiter, Martin Gotthard Schneider, das Orchester für jedes Konzert neu zusammengestellt. Dabei griff er natürlich immer wieder auf einen Stamm von Musikern zurück, mit denen er schon öfter zusammengearbeitet und gute Erfahrungen gemacht hatte. Hierzu gehörten Dozenten der Musikschule Freiburg, Mitglieder des Freiburger Philharmonischen Orchesters und des Sinfonieorchesters des SWR Baden-Baden und Freiburg, aus dessen Reihen im Allgemeinen der Konzertmeister kam (zuletzt meistens Michael Dinnebier). Für besondere Aufgaben hat man aber auch immer wieder renommierte Musiker, deren Wirkungsschwerpunkt außerhalb Freiburgs liegt (so z. B. den Trompeter Joachim Pliquett aus Berlin) verpflichtet. In den 1980er Jahren musizierte man regelmäßig mit Mitgliedern des SWF-Orchesters Baden-Baden.
Der jetzige Chorleiter Bernd Scharfenberger weiß sich sehr der historisch informierten Aufführungspraxis verbunden und engagiert bei entsprechenden Programmen gerne hierfür spezialisierte Musiker wie beispielsweise Daniela Helm und Petra Müllejans vom Freiburger Barockorchester, die er als Konzertmeisterinnen gewinnen konnte.
Beim Konzert im März 2010 mit Werken von Franz Schubert musizierte die Heinrich-Schütz-Kantorei mit einem Orchester, das der Konzertmeister Fabian Wettstein aus Mitgliedern der Württembergischen Philharmonie Reutlingen zusammengestellt hatte. Die Zusammenarbeit mit diesem renommierten Klangkörper war für alle Beteiligten so überzeugend, dass man sie auch in Zukunft fortsetzen will.